1986 beschloss die Mitgliederversammlung die Gründung des INUF des Verein Jordsand als eigenes Forschungsinstitut, weil es sich gezeigt hatte, dass Kommunen und Bundesländer mit zunehmenden Maße auf die Fachkompetenz engagierter Verbände angewiesen waren. Als Standort wurde das Lotsenhaus an der Schleimündung gewählt, die Verwaltung blieb in der Geschäftstelle in Ahrensburg.

Eingeweiht wurde das INUF am 24.5.1987 durch den Landwirtschaftsminister des Landes Schleswig-Holstein, Herrn Günter Flessner.

Als Leiter zeichnete Dr. Gottfried Vauk, der zusammen mit dem wissenschaftlichen Beirat (Mitglieder: Dr. Thomas Clemens, Dr. Martin Gorke, Dr. Eike Hartwig, Dr. Johannes Prüter, Dr. Eckart Schrey, Dr. Erika Vauk-Hentzelt, Rolf de Vries) die Arbeitsbereiche Meeresverschmutzung, Parasitologie, Ökologie, Artenschutz, Botanik und Wildbiologie einrichtete. Damit wurde die aktive und praktische
Naturschutzarbeit des Vereins auf eine wissenschaftliche Grundlage gestellt und Arbeiten zur Grundlagenforschung wurden in den vom Verein Jordsand betreuten Reservaten möglich. Zusätzlich konnten biologisch-ökologische Gutachten zu Fragen des Natur- und Landschaftsschutzes durchgeführt werden.

Zu den ersten geförderten Projekten gehörten Untersuchungen zur Schadstoffbelastung von Hochseevögeln und Untersuchungen zum Bestandsrückgang der Sturmmöwen im Ostseebereich.

Erster fest angestellter Mitarbeiter war Dr. Eike Hartwig, der bis zum Jahr 2002 die Leitung des INUF innehatte. In diesem Zusammenhang sind auch die wissenschaftlichen Mitarbeiter Dipl. Biol. Werner Piper, Dr. Thomas Clemens, Dr. Johannes Prüter, Dipl.Biol. Christiane Lammen und unzählige Projektmitarbeiter, Praktikanten und Praktikantinnen zu nennen.

Ab 1989 wurde die Geschäftsführung des INUF in die ehemalige Forschungsstation des Deutschen Wetterdienstes in Ahrensburg verlegt (s. Hartwig 1997).